Každý Muse běží ve vlastním virtuálním stroji a má přístup k uživatelovu e-mailu, kalendáři, zprávám i dalším účtům, takže na izolaci stojí celá bezpečnost služby. Anonymní zdroj z Mety tvrdí, že opravy se dělaly narychlo, aby nezdržely start. Meta v reakci uvádí, že produkt zabezpečila mimo jiné interním testováním a programem odměn za chyby. Po spuštění navíc výzkumník Patrick Wardle popsal další zranitelnost, která umožňovala aplikacím a příkazům v terminálu ovládat uživatelův Muse.
